ألغى دروسه من أجل هداية المبتلى بالشبهات
المرتبة المتميزة في التبحر في العلوم العقلية التي بلغها الإمام أهلته وهو في عنفوان شبابه لأن يكون المرجع الوحيد في الحوزة العلمية في قم للرد على الإشكالات والشبهات العقلية المثارة بشأن الإسلام فكانوا يرجعون إليه من كان يأتي إلى قم في تلك الأيام وهو يحمل هذه الإشكالات ساعياً للحصول على الجواب الشافي بشأنها، أجل كانوا يرجعونه إلى الإمام على الرغم من وجود علماء متبحرين من الدرجة الأولى في قم يومذاك.

فمثلاً، حدث في سنة 1363هـ. ق، أن شخصاً قد جاء إلى قم لمعرفة الحقيقة إثر شبهات زرعها في قلبه المعاندون فزعزعت إيمانه وعقائده الدينية، ولما جاء إلى قم هدوه إلى الإمام فاهتم الإمام بالأمر كثيراً وبجدية، واجتهد في دحض الشبهات وإزالة الإشكالات التي تغلغلت في ذهن هذا الشخص، وبلغ من اهتمام الإمام بهذا الامر أن ألغى دروسه الحوزوية ثلاثة أيام وقد استطاع الإمام في النهاية إبطال تلك الإشكالات وإخراجها من ذهنه وهدايته إلى طريق الحق والحقيقة.

قبسات من سيرة الإمام الخميني في ميدان التعليم الحوزوي والمرجعية